El biofilm se puede definir como una comunidad de bacterias embebidas en una matriz. Ésta se puede localizar en una placa bacteriana, en infecciones persistentes, en las rocas a la orilla del mar y en muchos otros lugares. En ocasiones surge la cuestión de porqué los procesos infecciosos o la placa nunca desaparecen, o después de algún tiempo de haber sido controlados regresan.
Estas infecciones son ocasionadas por comunidades de bacterias contenidas dentro de una formación fuertemente establecida conocidas como biofilm. Los investigadores descubrieron que 99% de las bacterias se encontraban vivas dentro de estas comunidades. Pero fue hasta los ochenta y los noventa que se les comenzó a prestar atención y a dar la importancia que tienen.
La formación del biofilm comienza con la adhesión a una superficie sólida (pudiera no ser hueso, plástico o diente). Una vez que se establece, se dispersa y reproduce para formar una microcapa en toda la superficie. Cuando se completa esta formación ya está formada una microcolonia. Una vez establecida la colonia, el biofilm está formado (bacteria embendida en una matriz polimétrica que la misma bacteria secreta).
Por ello, el biofilm es un complejo "vecindario", formado por bacterias con estructura propia.
La bacteria más cercana a la pared de la superficie en donde se formó el biofilm tiene el metabolismo más lento. Cuando la bacteria se encuentra más alejada, los canales dentro de la matriz no puede llevar tanto oxígeno, por lo que las bacterias que se localizan de manera más superficial tienen mayor afluencia de nutrientes y, por tanto, crecen más rápido (véase la figura 1).
El mecanismo de defensa es la rázon principal por el cual el biofilm ocasiona infecciones tan resistentes.
Por lo común, si la bacteria invade al huésped los anticuerpos, antibióticos y fagotitos (células de defensa) destruirían as la bacteria antes de ocasionar daño o enfermedad, sin embargo, el biofilm es muy resistente a estos ataques. Por algún motivo sus propiedades le ayudan. Los anticuerpos y antibióticos no pueden penetrar la matriz polimérica creada por biofilm. Los químicos que destruirían a las células planctónicas (como el cloro o el peróxido) de hidrogeno, etcétera). sólo matarían a las células de la superficie, dejando a las del interior sin daño (véase en las figuras 2, 3, 4, 5, 6, 7 y 8).
F. Nori concluye diciendo que hay una relación directa entre la presencia de biofilm en la superficie radicular externa y la persistencia de la periodontitis apical aguda.